L'exposé more geometrico a ses exigences et ses contraintes. La pensée s'y développe de manière conséquentialiste, de propositions en propositions, chacune démontrée à partir des axiomes et des propositions précédentes, et chacune s'ouvrant aux conséquences logiques des propositions à venir. Au terme du parcours, qui s'avère labyrinthique, le lecteur peut espérer à cette béatitude particulière que confère la compréhension rationnelle du monde et de l'homme. La liberté affirme Spinoza se conquiert par la connaissance rationnelle : Je dis donc qu'un homme est pleinement libre dans la mesure où il est guidé par la raison ; car c'est dans cette mesure qu'il est déterminé à agir par des causes qui peuvent être adéquatement comprises à partir de sa seule nature. (Traité politique (1677), II, § 11.) et l'homme ne pourrait accéder au bonheur qu'en se libérant, par la connaissance, des passions.

Les définitions fondamentales - cause de soi, finitude des choses, substance, attributs, mode, Dieu, liberté, éternité - et quelques axiomes sur les relations causales entre les choses et les conditions de la connaissance de ces causalités (la vérité y est définie comme accord d'une idée avec son objet) ouvrent le chantier, mais on n'y aborde pas immédiatement la question théologique, le soubassement est ontologique : il est question de substance(s) et des rapports entre elles. Les définitions de cause de soi et de substance permettent d'affirmer dès le départ l'antériorité de la substance par rapport à ses affections. D'autre part la relation entre attributs et substance est exclusive : un attribut ne peut se rapporter qu'à une substance donnée., mais aussi qu'une chose possède d'autant plus de réalité qu'on peut lui associer plus d'attributs... on voit de suite que la substance la plus réelle est celle qui possède une infinité d'attribut. Dieu, puisque c'est ainsi que le nomme, s'impose ainsi comme substance absolue. De la multiplicité des choses nous aboutissons à la pensée de l'unité du divin. Revenons aux attributions : étant donné qu'un même attribut ne peut se rapporter à plus d'une substance, on ne peut concevoir, étant donné que dieu comporte une infinité d'attributs, la pluralité des substances. Nous affirmons ainsi l'unicité fondamentale de tout ce qui est, et la pluralité apparente des choses ne se rapporte plus à leur essence, mais bien aux modes particuliers selon lesquelles la substance-unique se manifeste concrètement. La mode est une affection, une manière d'être : notion qui pourrait être rapprochée de celle d'étant par rapport à l'Etre, mais chez Spinoza, cet Etre, nommée substance, est unique : c'est le dieu spinoziste. Nous avons là, en lieu et place d'une théologie, une ontologie purement rationnelle où la diversité du monde se déploie à notre regard comme des manifestations modales de l'Etre, sorte de continuum formant le substrat de tout ce qui existe.

L'ontologie est construite en deux étapes : les dix premières propositions établissent, sur la base d'une définition de la substance et de Dieu, l'existence divine en recourant à la preuve ontologique, les cinq propositions suivantes établissent l'unicité de Dieu comme Substance unique et exclusive, en raison de son infinité. Nous avons ici clairement une catégorisation de Dieu comme Etre, dont une ontologie première qui sera développée ensuite dans un mouvement descendant, pour ainsi dire, de Dieu vers la Monde. Constatant l'infinité des attributs, Dieu apparaît comme une cause nécessaire d'une infinité de choses : cause par soi, cause nécessaire, cause première, cause libre : "Dieu est la cause immanente, et non transitive, de toutes choses"